故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。在那认识富商的儿子福富和战争中丧失父母的摂津，成为好友组成三人组。在学校里有不同学科的教授，性格各异的老师 ，高年级的天才忍者，女忍者，还有忍犬.古怪的校长非常之热闹！三人在上课和考试中常失败，但他们仍坚持并立志成为一流的忍者。校长的变幻无常，总是作奇怪决定因而发生许多故事，乱太郎等也常卷入各种各样的事件